C’est en 1893 que les entrepôts voient le jour. En harmonie avec la cathédrale de la Major, ils ont d’abord été construits en tant que socle à la cathédrale, le long des quais. Une unité d’architecture était donc requise ce qui fait de ces bâtiments commerciaux un très beau morceau d’architecture.
Dans les années 1970 de nombreux bouleversements liés à des travaux comme la construction d’une voie rapide viennent condamnés l’accès aux halles qui ne rouvriront que trente ans plus tard.
En effet, à partir des années 2000, dans le cadre d’Euroméditerranée, la création d’un tunnel permet d’enfouir la circulation qui asphyxiait la zone, et le projet pour faire revivre ce bâtiment exceptionnel ainsi que de le valoriser et de le consolider est lancé. Au cœur du nouveau quartier culturel de Marseille, le J5, les Voûtes ouvrent leurs portent en 2013 et deviennent un « pôle de rencontre et de convivialité ».
